Combien de visiteurs savent que le grand vaisseau pentagonal de pierre, aux murs lisses et aveugles, prenant appui sur un donjon construit au-dessus d’une vaste citerne, n’est pas le château de Raymond de Péreille pris en 1244 ?...
Alors que le Languedoc sera mis à feu et à sang, Montségur vivra en paix relative durant plus de 40 ans. Après la Croisade contre les Albigeois et l’annexion du Languedoc à la couronne de France, le sommet assez vaste du « pog » fut le dernier refuge des Cathares. Le château de Montségur abritait 600 personnes dans son enceinte dont une centaine d'hommes d'armes.
Montségur abrita donc cette communauté cathare et était déjà en 1215 considéré comme un repaire d'hérétiques. Ce rôle ne cesse de se renforcer, il accueillit également des chevaliers « faydits » dépossédés de leurs terres lors de la Croisade des Albigeois. Dont Pierre-Roger de Mirepoix qui fut le maitre militaire de Montségur.
Ceux-ci vivaient dans un village de pierre et de bois, sous la protection d’un château construit en 1204 par Raymond de Péreille. Du haut de ce nid d’aigle, ils défiaient l’autorité royale et les tribunaux de l’Inquisition, lançant des raids jusque dans le bas pays.
En 1242, le sénéchal de Carcassonne et l’archevêque de Narbonne Pierre Amiel furent chargés de mettre fin à cette situation. Le siège fut déclenché par le massacre de quelques inquisiteurs à Avignonet par une soixantaine d'hommes issus de la garnison de Montségur. Sur l'ordre de Blanche de Castille et de Louis IX. En mai 1243, les croisés, au nombre d'environ 6 000 hommes, entourent Montségur. Le siège du château de Monségur dura tout l’été et l’hiver suivant, de mai 1243 au 1er mars 1244.
Par une rude nuit d’hiver, ils grimpent sur le pog à l’endroit le moins défendu, parce que protégé par un relief très accidenté : la falaise dite du « roc de la tour ». De là, environ un mois plus tard, peut-être à la suite d'une trahison locale, les assaillants s’emparent d’une barbacane qui sert de poste avancé.
Ils construisent une machine qui va bombarder sans relâche les murailles du château comme en témoignent les nombreux boulets de pierre taillée retrouvés sur le site. Le 1er mars 1244, Pierre-Roger de Mirepoix se vit contraint de négocier la reddition de la place forte.
Tous les cathares qui refusèrent de renier leur foi périrent sur le bûcher qui fut dressé pour un peu plus de deux cents suppliciés dont la femme, la fille et la belle-mère de Raimond de Péreille : après avoir distribué tout ce qu'ils possédaient à ceux qui les avaient défendus durant dix mois, les parfaits de Montségur furent enfermés dans un enclos préparé au pied de la montagne puis les croisés mirent le feu aux fagots qui y étaient entassés.
En tout, deux cent vingt hommes, femmes et une jeune fille tous « volontaires » périrent dans le brasier. Parmi eux se sacrifièrent des soldats de la garnison qui n'avaient pas voulu les abandonner. Il fut rapporté que certains chantaient. A l’emplacement supposé du bûcher, une stèle a été élevée à ces « martyrs du pur amour chrétien ».
Pour certains, le bûcher aurait été monté à 200 mètres du castrum dans le Camp dels Cremats (le champ des brûlés) où une stèle fut par la suite érigée par la contemporaine Société du souvenir et des études cathares. Sur la stèle figure l'inscription : « Als catars, als martirs del pur amor crestian. 16 de març 1244 ».
Pour d'autres, le lieu réel du bûcher était placé sur la colline au-dessus du parking à droite du col en se rendant sur Montferrier. Montségur est ainsi devenu, pour les occitanistes, le symbole des libertés occitanes. Une légende s’est créée…