La guerre de Cent ans d'abord et surtout les guerres de Religion sont toutefois synonymes de graves dommages. Vers 1685, la paix est enfin revenue : l’église et les bâtiments conventuels sont reconstruits, la tour de guet, réunie à l’église, devient clocher. Le prieuré passe sous la dépendance de Chancelade, toujours sous la règle de Saint-Augustin. Enfin, le bourg se développe, les remparts disparaissent en partie, et les fossés sont comblés. Vendu à la commune à la Révolution, il est en partie transformé en entrepôt…
En avril 1871, après d’intenses négociations avec l’Etat, Saint-Cyprien obtient d’abriter l’un des quatre magasins de Tabacs en feuilles existant en Dordogne dans l’ancien domaine des Augustins, couvent, dépendances et jardin, propriété de la Commune ; Ces entrepôts vont servir à conserver, durant la fermentation, une partie de la récolte de tabacs du Périgord Noir. Celle-ci est ensuite expédiée depuis la gare de Saint-Cyprien. Le bourg connait alors une nouvelle prospérité. De ce riche passé, la commune a conservé un patrimoine d'intérêt, il se découvre sur les hauteurs dominant la rue principale.
Outre les ruelles bordées de belles habitations en pierre, possédant pour certaines des décors, des éléments médiévaux ou encore de la Renaissance, et même quelques vestiges des remparts d'antan, plusieurs sites méritent l'attention ou la visite. De quoi effectuer une étape plaisante ou séjourner en saison à proximité d'autres grands sites de la région…
Dirigez-vous le village médiéval, dans la partie haute de Saint-Cyprien avec ses ruelles aussi pittoresques que méconnues enlaçant son abbaye massive. Vous pouvez stationner votre véhicule sur le parking situé au 9 de la rue Bertrand de Got. Grimperez jusqu’à l’église abbatiale Saint-Cyprien, elle se trouve également dans les hauteurs de Saint Cyprien. Léglise abbatiale Saint-Cyprien réputée pour son clocher-donjon, ancienne tour de guet, doté d'un chemin de ronde date pour ses parties les plus anciennes des XIIIe et XIVe siècles. Construit sur un coteau, on accède à l'intérieur de l'édifice plusieurs fois remanié par un imposant escalier.
Le clocher-donjon est percé de meurtrières avec des contreforts plats et des murs épais de près de 1,50 m. Le clocher-donjon est raccordé à l'église avec le percement de l'oculus de l'horloge au XVIIIe siècle. Au Moyen Âge, l'abbaye de Saint-Cyprien est riche grâce à l'exploitation des terres des bords du fleuve. Installé à flanc de coteau, le bourg constitue un poste stratégique pour l'observation du trafic fluvial.
Le mobilier des XVIIe et XVIIIe siècles de l’église abbatiale Saint-Cyprien est remarquable comme les 32 stalles de chœur destinées aux moines, l'autel en marbre polychrome, deux belles statues en bois de Saint Cyprien et Saint Augustin et une chaire en boiserie sculptée, ornée des quatre évangiles. L'autel contenait l'une des épines de la couronne de Jésus. En 1804, une religieuse chassée de son couvent en Flandres aurait apporté à l'abbaye Saint-Cyprien une épine provenant de la Couronne du Christ. Elle aurait été donnée par Louis IX au couvent flamand de cette religieuse. Malheureusement, cette relique a été volée en 1997.
Dans l'une des quatre chapelles, le cœur de Mgr de Beaumont, archevêque de Paris, né dans la région, est conservé. On remarquera encore les vitraux de la façade sud réalisés en 1965 par Henri Guérin (1929-2009) dans un style résolument contemporain (verre teinté et béton armé) ainsi que l'orgue et son buffet en bois de noyer de style Louis XIII. L'instrument a été restauré et des concerts sont donnés en été. L'église Saint-Cyprien est également réputée pour ses qualités acoustiques.
Jouxtant l'église Saint-Cyprien, le presbytère actuel se révèle être en fait une ancienne maison noble des XIIIe et XIVe siècles, dotée de fenêtres Renaissance, qui abrita un temps également au XIXe la mairie. Pour la visite, il vous faudra s’écarter un peu vers les parties montantes, vous déambulerez à travers de petites rue où les habitations en pierre dorées et de bâtiments à colombage bordent les rues ont parfaitement été préservées et donnent au village un charme incroyable. Ce sont des maisons construites à l'intérieur des remparts. Les "hauts quartiers" de la cité médiévale est surnommés le Montmartre de Saint-Cyprien, un lieu d'exposition artistique a été aménagé dans une ancienne salle de justice. Les vues à partir de ce quartier de Montmartre depuis la vallée de la Dordogne et Saint Cyprien sont superbes.
Au-dessous de l'église abbatiale Saint-Cyprien se trouvent des petites ruelles qui sont connues comme le quartier de couture et la Place des Oies qui étaient autrefois dédiées au marché des volailles. La place du Leu, et la rue du même nom, à l’est, près de l’église abbatiale Saint-Cyprien, derrière le clocher, tire son nom d’un lion de pierre imposant par sa taille et son poids. D’abord installé au milieu de la place, puis à proximité d’une fontaine, disparue en 1878, on peut encore le voir aujourd’hui enchâssé dans un mur.
La rue Gambetta est la rue principale de Saint Cyprien, avec beaucoup de belles maisons, de balcons en fer forgé et de gravure dans la pierre. La traverse, la petite rue qui traverse le village dans sa longueur, accueille un fabuleux marché tous les dimanches, vous y trouverez également les petits commerçants et les restaurants. Vous pouvez suivre la charmante rue du Terme qui mênera vers la Place de la Liberté. Dans cette rue vous remarquerez une grande maison périgourdine sur la droite et beaucoup d'autres bâtiments de charme tout autour..
Pour complèter ce tour d'horizon, sur le plan du patrimoine civil, deux châteaux se trouve sur la commune. Tel l'ancien château seigneurial des Fages des XVe et XVIe siècle. On remarque le pavillon Renaissance, la chapelle et des vestiges du château médiéval antérieur. Quant au château de Saint-Cyprien ou de Beaumont), il présente un style Louis XVI pour la partie la plus ancienne du XVIIIe siècle, comme le portique de quatre colonnes que surmonte une fenêtre elle-même encadrée de colonnes (influences grecques). L'aile en équerre date en revanche des XIXe et XXe siècles. Quant au parc, également protégé, il a été conçu par le paysagiste Edouard André au début du XXe siècle.
Les grottes de Fages qui surplombent l’actuel village sont accessibles en libre accès à pieds par des sentiers depuis le bourg. A 6 km de Saint-Cyprien, vous trouverez la vallée des cinq châteaux : "Beynac", "Les Milandes", "Castelnaud", "Fayrac", "Marqueyssac". Tous, plus ou moins, se mirent dans les eaux de la Dordogne.