À la mort d'Adhémar de Beynac (1147-1189), croisé décédé sans postérité, Richard Cœur de Lion, roi d'Angleterre offre Beynac à Mercadier, son fidèle routier. Celui-ci est assassiné à Bordeaux en 1200 et la baronnie revient dans la famille d'origine.
À partir de 1241, la châtellenie, dont fait partie le château de Commarque, est divisée entre deux frères, Gaillard et Mainard de Beynac. Les deux branches ne seront à nouveau unies qu'en 1379.
À l'époque de la guerre de Cent Ans, la forteresse de Beynac est l'une des places fortes françaises. La Dordogne sert alors de frontière entre France et Angleterre ; non loin de là, de l'autre côté de la Dordogne, le château de Castelnaud, rival de Beynac, était aux mains des Anglais.
La partie la plus ancienne du château est un gros donjon roman carré, vertigineux, aux rares percements, agrafé d'une bretèche et d'une échauguette, accosté d'une cage d'escalier en vis, mince comme un contrefort et terminé par une terrasse crénelée. D'un côté, un logis de la même époque lui est juxtaposé ; il a été retouché et agrandi aux XVIe et XVIIe siècles.
De l'autre côté, c'est un logis en partie XIVe siècle, auquel sont accolés une cour et un escalier de plan carré desservant des appartements du XVIIe siècle. Les appartements ont conservé des boiseries et un plafond peint du XVIIe siècle ; la salle de Réunion des États du Périgord est ainsi nommée parce que s'y réunissait la noblesse des quatre baronnies, celles de Beynac-Biron pour le sud et celles de Bourdeilles-Mareuil pour le nord.
Elle garde une belle cheminée Renaissance sculptée de bucranes ; cette salle donne sur un petit oratoire entièrement décoré, au XVe siècle, de fresques parmi lesquelles une Pietà, un saint Christophe, une cène dans laquelle saint Martial est le maître d'hôtel.
On peut également y voir de somptueuses tapisseries représentant des scènes de chasse et d'autres scènes de la vie des seigneurs de l'époque, ainsi que la reproduction de l'étendard de la famille Beaumont-Beynac, propriétaire du château depuis le XVIIIe siècle jusqu'en 1961.
Le lieu a dû être occupé par une place-forte dès le haut Moyen-Age. A la fin du 11e siècle, l'existence des seigneurs de Beynac est attestée. Au début du 12e siècle, Simon de Montfort, chef de la croisade contre les Albigeois, fit détruire les murs et la tour du château.
En 1238, la seigneurie de Beynac devient fief du comte de Toulouse. Par le traité de Brétigny, Beynac passa sous domination anglaise. En 1368, Beynac se rangea aux côtés de Charles V et entra en lutte contre les Anglais.
Le château a conservé extérieurement toutes ses dispositions médiévales. Il se présente au bord du roc surplombant la Dordogne, en un vaste quadrilatère irrégulier. A l'angle nord-ouest se trouve le donjon carré, couronné de créneaux et flanqué d'une tourelle contenant l'escalier. Il est relié par un mur de courtine à mâchicoulis à une tour et au bastion méridional qui flanquait les faces ouest et sud.
Ce bastion est couronné par un crénelage et deux tourelles cylindriques sur ses angles. Sur les faces sud et est du château se développent les corps de logis, remaniés au 16e siècle. Une tourelle en encorbellement a été ajoutée au 16e siècle. La face nord du château est fermée par un mur de courtine crénelé, renforcé à un angle saillant par une tourelle en encorbellement.
A l'intérieur du château, une courette placée au centre éclaire les deux escaliers dont l'un dessert le donjon et les salles de défense ; l'autre, construit au 17e siècle, conduit aux appartements. Deux pièces décorées au 17e siècle présentent un décor d'entrelac et de rinceau sur les poutres et les boiseries, ainsi que des peintures. Aux abords du château se trouvent la poterne, les tourelles de défense, les bâtiments de communs se reliant avec les terrasses et l'église.