Les premières traces d'occupation remontent au néolithique et à l'âge de bronze : on a en effet trouvé sept squelettes humains et trois vases au lieu-dit la Carnala. Les Romains, grands amateurs de bains et qui occupèrent la région jusqu'au ve siècle, ne semblent pas avoir utilisé de manière significative les eaux thermales, aucun vestige antique n'ayant été découvert à ce jour. C'est au cours du XVIe siècle qu'est citée, pour la première fois Eaux-Bonnes par l'édification d'un bâtiment. C'est un hôpital militaire, construit par François 1er et destiné aux Béarnais blessés à la bataille de Pavie (1525). Un siècle plus tard, en 1648, la comtesse d'Ancenis prenait l'eau aux Eaux-Bonnes mais logeait prudemment au château de Béost.
À la fin du XVIIIe siècle, Eaux-Bonnes n'était qu'un village de bois situé à l'extrémité de la gorge étroite de la Sourde. Ce n'est qu'au siècle suivant que furent construites de superbes demeures dont il reste quelques vestiges aujourd'hui. Cependant, entre le XVIe et le XIXe siècle, un grand nombre de célébrités vinrent en visite découvrir les bienfaits de ses eaux. Pour comprendre le développement étonnant de ce petit village de montagne, il faut relever le rôle crucial que jouèrent l’aristocratie politique, les financiers, les médecins et les guides dans la transformation de la cité en station à la mode du XIXe siècle.
La conjonction de leurs intérêts offrit aux riches oisifs un éventail constamment renouvelé de divertissements, jeux d’argent, bals, concerts et amusements. Ce sont les financiers Eynard, banquier genevois, Jacquemin et Moreau qui transforment les baraques du village en une ravissante station thermale. Mais le véritable instigateur de cet essor sera le couple impérial, Napoléon III et surtout Eugénie, habituée des villes d'eaux pyrénéennes proches de son Espagne natale. La reine Marguerite de Navarre, Jeanne d'Albret, Henri IV, Catherine de Navarre, les poètes Du Bartas ou Olhagaray, les financiers Eynard, Jacquemin, Loreau, tout comme un peu plus tard Montaigne, Delacroix, Flaubert, Taine, Louis Barthou, etc... suivront !
Pays de traditions pastorales et de légendes, riches d'anecdotes d'hier et d'aujourd'hui, Eaux-Bonnes, ses villages authentiques, sont à découvrir en compagnie de conteurs originaires de la vallée. Au printemps, Eaux-Bonnes laisse place à de verts pâturages fréquentés par les troupeaux de brebis et de vaches. Les premières chaleurs sont l'occasion, à l'écart des sentiers, d'observer la marmotte, véritable sentinelle des lieux. C'est aussi la possibilité pour le marcheur patient d'entrevoir le célèbre mais rare coq de bruyère. Au cours de l'été, la montagne verte d'Eaux-Bonnes porte son nom avec fierté tandis que, plus haut, les edelweiss et champs d'iris émergent, ici et là, succédant aux jonquilles du printemps. Enfin, à l'automne, saison où fleurissent les colchiques, la forêt de hêtres du Gourzy fait alors la joie des cueilleurs de champignons.
Assouste et Aas étaient autrefois des chefs-lieux de d'Eaux-Bonnes et l’Impératrice Eugénie, désireuse de créer la station des « Eaux-Bonnes » les fit rattacher à cette dernière. Vous pouvez commencer votre visite d'Eaux-Bonnes par l'office de tourisme situé dans l'avenue Castellane. Admirer les hôtels particuliers, dans la seconde moitié du XIXe siècle, la grande époque de la station, les façades des bâtisses arborent un style "second empire" avec ouvertures plein cintre et briques rouges… Souvent qualifiée d'haussmannienne en raison de l'ampleur des bâtiments et de l'élévation de leurs façades. Toutefois, ici, pas de sculptures, de chapiteaux ou de cariatides omniprésents dans les immeubles parisiens du Second Empire.
Cette sobriété reflète à la fois l'influence de l'architecture béarnaise, massive et peu ornementée, et la nécessité imposée par les matériaux locaux. La pierre et le marbre des Pyrénées, durs et difficiles à travailler, appellent des lignes simples, des encadrements lisses et un vocabulaire mesuré de bandeaux et de frontons.
Passez devant l'hôtel des Princes, il fait partie des nombreux bâtiments néo-classiques qui entourent le jardin public. Cet hôtel est le plus vaste édifice de la cité et correspond à la phase d'extension de la station thermale des Eaux-Bonnes sous l'impulsion de l'épouse de Napoléon III. Construit vers 1860 sur le jardin Darralde, il accueillit la cour lors du séjour de l'impératrice en 1861. Votre promenade vous fera découvrir le casino d'Eaux-Bonnes. Contrastant avec le style dominant de l'époque, le casino déploie une architecture expressive d'arcades et de brique. Les travaux du casino débutèrent en 1873 sous la direction de l'architecte Geisse.
A découvrir également dans Eaux-Bonnes, une dizaine de villas remarquables dont la villa Bellevue sur la promenade horizontale, connue pour être visible en tous points de la vallée d'Ossau. Ce fut l'une des multiples propriétés du guide Pierre Lanusse, la villa Cockade cottage construit en 1937 par l'écrivain anglais Dornford Yates sur la route d'Aas, la villa Meunier construite pour le médecin Valéry Meunier dans le style anglais, située à la sortie du village sur la route de Gourette, la villa Preller à l'entrée de la promenade de l'Impératrice. Les villas utilisent librement les colombages et toitures débordantes caractéristiques des villes de villégiature.
Composante indispensable des stations de villégiature du XIXe siècle, les villas permettent d'attirer une riche clientèle. Si le premier bâtiment d'Eaux-Bonnes faisant référence au thermalisme remonte au XVIe siècle, l'actuel établissement date de 1830 ainsi que l'église à proximité et la maison du gouvernement, aujourd'hui la mairie. L'église Saint-Jean-Baptiste-Notre-Dame-des-Infirmes fut construite de 1864 à 1875 par Gustave Lévy architecte départemental et Pierre Gabarret architecte communal.
Riche d'un patrimoine architectural datant du second empire qui s'était accompagné de la création en 1861 d'un jardin anglais, la commune des Eaux-Bonnes a souhaité valoriser son patrimoine naturel et permettre une découverte du jardin darralde et de la promenade horizontale de façon ludique au travers d'une signalétique et d'un document réalisés en collaboration avec les services de l'office national des forêts. Durant la première moitié du XIXe siècle, les promenades s'étirent en lacets pentus sur les flancs de la forêt du Gourzy et remontent le vallon du Valentin.
Aas et Assouste sont les hameaux les plus anciens de la cité d'Eaux-Bonnes. Aas et Assouste regardent la vallée d'Ossau du haut de leurs toits d'ardoise. Autrefois, essentiellement habités par les bergers ou agriculteurs, ce sont deux hameaux pittoresques à découvrir. Aas possède la particularité d'avoir inventé le langage particulier des siffleurs. De part et d’autre de la vallée du Valentin, les habitants communiquaient en langage sifflé… Ils arrivaient à se faire comprendre jusqu’à une distance de 2,5 km !
Le paisible hameau d’Assouste d'une altitude 590 m, bénéficie d’un emplacement privilégié. Assouste tire son nom de "lous oussales" signifiant les montreurs d'ours, possède une chapelle romane du XIIe siècle, l'une des plus anciennes de la vallée comportant un chapiteau sculpté, un manoir restauré du XVIe siècle, un lavoir rénové, et de vielles demeures béarnaises typiques avec linteaux de porte caractéristiques et présence fréquente de marbre gris-noir d'Arudy ou de marbre rose de Bielle.
La petite station de ski de Gourette est à quelques kilomètres le long de la route qui mène au col d'Aubisque et fait partie de la commune des Eaux-Bonnes.