Autour du monastère, les descendants d'Aymard forgent un Etat qui allait devenir le duché du Bourbonnais, aux confins de l'Auvergne, du Berry et de la Bourgogne. En 990, la ville de Moulins, voisine de Souvigny d’une dizaine de kilomètres, est fondée. Sa position de capitale du dûché du Bourbonnais accroît son développement économique pendant 200 ans. 994, mort à Souvigny de saint Mayeul, l'un des moines fondateur. Hugues Capet vint à Souvigny en 996 pour se recueillir sur la tombe de son ami Mayeul et pour trouver probablement la guérison. En remerciement, il donne à la ville le droit de battre sa propre monnaie (à cette époque, seuls les rois de France avaient ce droit).
La ville va ensuite devenir l’une des premières villes franches du pays, c’est-à-dire que les habitants ne seront plus « taillables et corvéables » à merci. La ville va alors s’agrandir rapidement et avoir besoin d’être gérée et défendue. C’est là qu’interviennent les petits seigneurs voisins, les sires de Bourbon. En 1008, le monastère est agrémenté d’une église, puis érigé en prieuré. Plusieurs campagnes de construction suivront, aux XIIe, XIVe, XVe et XVIIIe siècles.
En 1049, mort à Souvigny de Saint- Odilon de Mercœur, cinquième abbé de Cluny. Les saintetés de Mayeul et d'Odilon, canonisés et réunies dans le même tombeau, attirent à Souvigny de nombreux pèlerins pendant tout le moyen-âge et le plus ancien des prieurés de Cluny, comblé de bienfaits, connaît alors une extension considérable. Vers 1150, le prieuré de Souvigny dirige, 8 monastères, 50 églises, et 18 chapelles. Son prieur est très influent.
Plusieurs légende sur les miracles de Saint Mayeul existe. La tradition orale parle aussi d’une source d’eau qu’il fait jaillir non loin de là pour étancher la soif des pèlerins, d’un ouvrier qui participe à l'édification du tombeau de l'Abbé de Cluny, de la main du maçon écrasée par une pierre aurait été perdue s’il n’avait pas invoqué saint Mayeul pour l’aider à déplacer la charge qui le retenait prisonnier. On raconte également l’histoire d’un enfant qui ressuscite après que sa mère eut déposé le petit corps inanimé devant le tombeau de saint Mayeul, puis prié jour et nuit.
C'est à la fin du XIIème siècle, semble t-il, que le sacristain Bernard fit faire "un livre très précieux contenant l'ancien et le nouveau testament " (Preciosissinam historiam continentem novum et vets Testamentum). L'historia qu'a fait faire Bernard est très vraisemblablement la Bible de Souvigny, une grande Bible en un seul volume, appelée parfois "pandectes" au haut moyen âge, du grec "qui comprend tout". La taille monumentale des pandectes confère au volume une présence, un caractère vénérable et solennel. Chef-d’œuvre du Moyen-Âge, on estime à un an et demi la durée de sa réalisation. Son fac-similé est exposé au musée de Souvigny, l’original étant conservé à la médiathèque de Moulins
En 1340, le château des ducs de Bourbon est construit à Moulins. Les Bourbons, ancêtres des rois de France, choisirent Souvigny comme sépulture. Aux XIVe et XVe siècles, le monastère subit alors de nouvelles transformations, lorsque Louis II et Charles Ier décidèrent de faire de ce sanctuaire leur nécropole. Souvigny, "Berceau des Bourbons" devient ainsi "Nécropole des ducs de Bourbons". Au cours des siècles, des rois, des Papes et de nombreux pèlerins, sont venus se recueillir dans l'Eglise prieurale de Souvigny.
Aujourd’hui, la visite du prieuré Saint-Pierre-et-Saint-Paul de Souvigny, permet de redécouvrir une page de l’histoire de France et de l’Allier. Les visites commentées de l'église, des chapelles funéraires, de la sacristie baroque et du cloître sont proposées aux visiteurs toute l'année et tous les jours (sauf le mardi et lors des célébrations religieuses). En été, son histoire vous est contée lors des spectacles "Lumières sur le Bourbonnais" projetés en vidéo-mapping sur la prieurale.
L’histoire de la construction de l’église Saint-Pierre et Saint-Paul, avec les différentes campagnes qu’elle comporte, est fort complexe. La prieurale témoigne du style roman et du style gothique. La structure est romane (murs goutteraux…) mais la voûte est gothique. La façade est elle aussi reconstruite à l'époque gothique tout en conservant les deux clochers romans qui la surmontent. Ce prieuré a permis au style bourguignon de se développer dans les nombreuses églises romanes du pays de Souvigny grâce à son appartenance à la puissante abbaye de Cluny.
On ignore tout de la première église. En revanche, il est probable qu’après la mort de Saint-Mayeul, Saint-Odilon ait fait construire comme première église de pèlerinage, une grande nef charpentée très vite transformée pour être voûtée. La nef unique est subdivisée en trois vaisseaux. Cette campagne de voûtement fut accompagnée de l’édification d’une nouvelle façade occidentale qui comprenait deux tours encadrant une chapelle haute, située au-dessus de l’entrée de l’église et dédiée à Saint Michel. Un peu plus tard, un narthex, la galilée, fut construit pour permettre l’accueil des pèlerins de plus en plus nombreux. En 1063, Saint Hugues, VIe abbé de Cluny, profita du passage à Souvigny du légat pontifical Pierre Damien, pour lui demander de procéder à la translation du corps d’Odilon. À cette occasion, l’église fut officiellement consacrée.
Ainsi remaniée, l’église du Xle siècle devait encore subir pendant près d’un siècle des agrandissements qui reflètent l’essor croissant du prieuré. À l’édifice existant furent ajoutés deux bas-côtés, créant ainsi un édifice à cinq nefs. Le chœur repoussé plus à l’Est, permet l’adjonction d’un deuxième transept conformément au plan de Cluny III, entouré d’un nouveau déambulatoire doté de cinq chapelles rayonnantes. À la fin du XIIe siècle et au début du XIIIe siècle, deux flèches couronnèrent les tours occidentales et le grand transept fut coiffé d’une tour de croisée. En 1376, Louis II fait ériger sa chapelle funéraire dans l’aile Sud du second transept .
Des 1432, Dom Geoffroy Chollet, moine du Mont Saint-Michel nommé prieur de Souvigny de 1424 a 1454, s’attache à restaurer l’église romane qui était dans un lamentable état et le cloître. Des marchés de travaux sont passés avec les architectes du duc de Bourbon, Maignon puis Poncelet, pour la reprise du chœur, de la voûte centrale, du bas-côté sud et de la façade occidentale. À la fin du XVe siècle, les ducs de Bourbon font élever une seconde chapelle funéraire avec l’intervention de grands imagiers de l’époque ; on procède alors à une seconde translation des corps des saints abbés de Cluny dans l’Armoire aux Reliques, exemple rare de ce type de meuble-reliquaire en France.
À cette époque, de grandes écoles de sculptures travaillent à Souvigny : on doit à l’un des élèves de Jacques Morel une Sainte Marie Madeleine considérée comme l’une des pièces maîtresses de l’art flamboyant en France, puis à Michel Colomb un groupe à l’Enfant et une mise au tombeau. Ce fut la restauration gothique telle que nous la voyons aujourd’hui : un édifice religieux remarquable, de 89 mètres de long, 5 nefs, 6 travées, 28 mètres de large et une voûte aux nervures ouvragées, à 18 mètres de hauteur.
Le cloître a été réaménagé en 1432. Aujourd'hui, il ne reste que les cinq travées de la galerie occidentale. Sur le mur méridional de l'église, les corbeaux Renaissance qui supportaient la charpente d'une partie du cloître apparaissent encore. Sur la face opposée à la portion de cloître subsistant, s'élèvent encore les derniers vestiges de la salle du chapitre.
Outre le prieuré classique, érigé au XVIIe siècle. et son imposant portail construit le siècle suivant, l’église possède une magnifique sacristie utilisée en tant que salle de réunion pendant la Révolution. L’architecture et le décor baroques de la sacristie diffèrent considérablement du reste de l’édifice. La construction d’une nouvelle sacristie (1773-1775) est décidée dans la dernière vague de travaux qui affecte les monastères clunisiens peu avant la révolution.
La Chapelle-Neuve des Bourbons, où reposent son commanditaire le duc Charles Ier de Bourbon et son épouse Agnès de Bourgogne, de même qu’Anne de France, régente du royaume pendant la minorité de son frère Charles VIII et figure incontournable du XVe siècle, y est adjointe entre 1448 et 1453. Construite sur le modèle des Saintes-Chapelles, elle est aujourd’hui, en France, la seule chapelle funéraire princière dont les tombes sont inviolées. Sans oublier Jean II, Pierre II, Suzanne fille d'Anne de France, son mari le Connétable de Bourbon et plus récemment (1934), Sixte de Bourbon, duc de Parme.
C'est ainsi que la visite des lieux permet de découvrir les gisants sculptés de Louis II de Bourbon et d'Anne d'Auvergne dans la chapelle vieille. Mais aussi le tombeau des Saints Mayeul et Odilon dans la nef. A l'intérieur, on peut également y découvrir le chapiteau des moines monnayeurs rappelant l'ancien privilège du prieuré de battre la monnaie, un fragment de tombe d'évêque du XIIIe siècle, bas-relief de l'Immaculée Conception, armoires à reliques en pierre du XVe siècle fermée par quatre volets de bois orné de peintures consacrées aux vies de Saint-Mayeul et Odilon. Des fresques redécouvertes sous un enduit de chaux, datant du duc Louis II de Bourbon ont récemment été mises au jour. Elles sont très proches dans leur style de celles de la chapelle souterraine de l'église de Saint-Bonnet-le-Château, en Forez.
Dernière adjonction faite à l’église Saint-Pierre et Saint-Paul, l’orgue de François-Henri Clicquot facteur d’orguedu Roy Louis XVI, est érigé sur la tribune occidentale. Il prête sa voix à l’église de Souvigny et contribue à l’éclat des cérémonies. Il est, avec son grand frère de la cathédrale de Poitiers (1790), le seul témoin intégralement conservé du grand facteur, lui-même fils et petit-fils de facteurs d’orgues. Un cours d’histoire à part entière…
Dans les bâtiments conventuels (dans les deux anciennes granges monastiques du prieuré attenant), le musée de Souvigny abrite des collections archéologiques et religieuses, une collection permanente consacrée au patrimoine archéologique, monumental et ethnologique du bocage environnant. De Pâques à la Toussaint, la grange nord accueille une exposition sur un thème différent chaque année.
La pièce maîtresse de la grange sud est la colonne du Zodiaque datée du XIIe siècle. Ce pilier roman, sculpté d'une représentation de l'univers, est une œuvre unique au monde ! Ce fut octogonal, chef-d’œuvre de l’art clunisien, illustre sur ses 4 faces historiées, la représentation de l’Univers ou Macrocosme, ou Macrocosme avec sur ses quatre faces historiées, l’Espace et le Temps. L’Espace est représenté par deux sujets : les Peuples les plus étranges de la terre et les Animaux fabuleux et de l’autre, une seconde paire de sujet avec le Temps avec les mois de l’année et les fameux symboles du zodiaque.
Sont présentés également des fac-similés de la Bible de Souvigny, des pièces de monnaie et des éléments lapidaires, statuaires et chapiteaux y sont également présentés. Le musée du Prieuré sert de fil conducteur à l’histoire de ce lieu prestigieux.
Pour terminer en beauté, les jardins du prieuré, qui prolongent la visite, sont une reconstitution de jardins à la française des XVIème et XVIIème siècles mixant plantes ornementales, légumes anciens, plantes médicinales et aromatiques. Les plantes sont toutes étiquetées avec des indications sur leurs usages et leurs propriétés médicinales. Le jardin dispose également d’un bassin et d’une fontaine. De plus, afin de rappeler le passé viticole du département, des pieds de vigne ont été plantés dans le fond du jardin. 220 rosiers de différentes espèces bordent le jardin. Enfin, depuis l'escalier monumental, le visiteur peut contempler l'ensemble que forment les parterres des jardins avec l'église et les bâtiments conventuels.
À l’époque médiévale, le pèlerinage vers les tombes de saint Mayeul et saint Odilon, dont les récits des miracles attiraient une foule nombreuse, comptait parmi les plus grands de l’occident chrétien, sur le chemin de Saint-Jacques de Compostelle. En 2003, la prieurale Saint-Pierre Saint-Paul est proclamée Grand Sanctuaire roman d’Auvergne et le chemin de Saint-Jacques rénové (GR 300). Le sanctuaire de Souvigny est membre du réseau des Villes Sanctuaires en France aux côtés notamment de Lourdes, du Puy en Velay du Mont-Saint-Michel, de Paray-le-Monial, Chartres, Lisieux et Nevers,
Lors d’une balade au travers de ses rues et places, découvrez l’histoire de cette petite citée de Souvigny toujours marquée par sa noblesse d’antan. Le village se découvre tout au long d’un circuit pédestre qui permet au travers de ses rues et places de découvrir l’histoire de cette petite cité toujours marquée par la noblesse d’antan.