Dans la seconde moitié du IIIe siècle, Austremoine, premier évêque de Clermont ; un des plus anciens diocèses de Gaule, mène une grande campagne d’évangélisation de l’Auvergne. De nombreux lieux de culte voient le jour, mais ce sont souvent de simples chapelles, rustiques et modestes, parfois même des constructions de bois. Vers la fin du premier millénaire, le monachisme connaît un engouement considérable et des milliers de monastères sont édifiés, un peu partout en Europe.
En 909, Guillaume Ier dit le Pieux, duc d’Aquitaine et comte d’Auvergne qui possédait de nombreux comtés, dont celui d’Auvergne et de Macon, fonde, à Cluny en Saône-et-Loire, une abbaye pour y accueillir des moines bénédictins, dans la tradition de l’Église romaine. Il décide aussi de faire édifier, dans la partie haute de sa villa de Sauxillanges (Celsinius), une chapelle dédiée à la Sainte Trinité, à la Vierge Marie et à saint Jean l’Évangéliste. Mais ce n’est qu’après sa mort que le projet de monastère verra le jour, grâce à la donation que l’un de ses neveux, Acfred, fera en 927. Les moines s'y installent vraisemblablement à partir de 944. Son premier abbé fut un certain Odo ou Odon.
En 1062, plusieurs abbayes dont Sauxillanges furent transformées en prieurés par Hugues de Semur, sixième abbé de Cluny. Pierre de Montboissier, né à Montboissier en 1094 et issue d’une puissante famille locale, y fit ses études avant de revêtir l'habit religieux en 1109, et de devenir prieur claustral de Vézelay, sous le nom de Pierre le Vénérable, puis prieur de Domène en Isère et ensuite abbé de Cluny qu'il dirigea jusqu'à sa mort en 1156.
Douze moines venus de Cluny vont s’attacher à développer le monastère de Sauxillanges. Disposant de moyens financiers importants, ils construisent, pour eux, une vaste église dédiée à saint Pierre et saint Paul, patrons de leur ordre. Puis, pour les habitants du bourg, l’église Notre-Dame-de-l’Assomption, église qui sera agrandie au XVe siècle. En 1062, l’abbaye de Sauxillanges est ramené au rang de prieuré soumis à la seule autorité de l’abbé de Cluny. Ce qui n’empêchera pas son influence et son patrimoine de croître au fil du temps, lui permettant de rejoindre, quelques décennies plus tard, le cercle très fermé des « cinq filles » de l'Ordre de Cluny avec Souvigny, La Charité-sur-Loire, Saint-Martin-des-Champs à Paris et Lewes en Angleterre.
De nouveaux bâtiments sont construits : cloître, salle capitulaire, dortoirs, réfectoire, chapelle du prieur, mais aussi écuries, cuvages, greniers et autres dépendances indispensables à la vie d’une communauté importante : une soixantaine de moines aux temps fastes et un nombre non moins négligeable de serviteurs et de commensaux divers. Le prieuré se verra aussi doté d’une hôtellerie pour accueillir les malades, les personnes de passage et les pèlerins en partance pour Saint-Jacques-de-Compostelle.
Au XIIe siècle, des fortifications sont édifiées pour protéger les biens monastiques. La ville de Sauxillanges échappera, de ce fait, aux destructions de la guerre de Cent Ans (1337-1453). Plus tard, deux nouvelles fortifications, dont la dernière édifiée au XVe siècle, avec fossés, tours et portes d’accès (on en dénombre trois dans l’enceinte périphérique : Coche, Notre-Dame, Saint-Martin), viendront protéger le bourg et ses habitants. Sauxillanges est un monastère important qui accroît son patrimoine grâce aux donations de l’aristocratie locale : 41 églises, mais aussi champs, vignes et terres forment un important réseau de dépendances religieuses et de revenus agricoles. Le cartulaire de Sauxillanges est un inestimable recueil de 979 actes, précieuse ressource documentaire sur la vie de la communauté et le réseau clunisien.
Après une période très faste, l’éclat du prieuré décline peu à peu. À la veille de la révolution, il ne reste qu’une dizaine de moines et un patrimoine fortement délabré. En 1792, les biens monastiques sont vendus, les clochers abattus et les cloches envoyées à la fonte. Le corps de saint Godon, abbé du monastère de Volvic au VIIe siècle, conservé à Sauxillanges depuis le XIVe siècle, est brûlé sur la place. Le prieuré est pillé, l’église paroissiale, dont le clocher s’est effondré, est utilisée comme salle de réunion. Au XIXe siècle, le fossé est comblé, la ville s’ouvre à l’est, des pans entiers de murs d’enceinte sont détruits, les rues étroites sont élargies, le parcellaire s’aère pour s’adapter aux exigences nouvelles, notamment en matière de transports.
Sauxillanges conserve l’empreinte du périmètre du monastère et du bourg monastique. De forme rectangulaire, la place centrale du bourg traduit toute l’emprise du monastère, autrefois bordée des bâtiments des moines : écuries, hôtellerie, infirmerie, dortoir, salle capitulaire, le château du prieur. L'église des bénédictins, la plus importante, a disparu. Elle connut une grande affluence de pèlerins à partir du XIVe siècle, après le miracle de saint Godon, et subit beaucoup de dégradations pendant la Révolution. La plupart de tous ces édifices religieux auront des vocations diverses au du temps, comme la chapelle Notre-Dame du Bois du XVe siècle, transformée en cabaret au XIXe siècle, elle conserve des clef du XVes de voûtes aux armes de France, de Cluny et de prieurs de Sauxillanges. Elle abrite aujourd’hui la Maison du Patrimoine. L'église Saint-Jean l'Évangéliste utilisée comme garage ou encore l'église Saint-Martin devenue bâtiment administratif. Ce dernier édifice était celui que fréquentait les habitants du quartier Saint-Martin, faubourg extérieur au bourg monastique et ceux des hameaux. Transformée en halle, poste, marché au blé, l'église deviendra le centre administratif de la ville.