Déjà occupé durant le néolithique puis par les Celtes, le site est évangélisé au IIIe siècle par le futur saint Nectaire. À l'époque néolithique, un dolmen en granit fut érigé sur le mont Cornadore. L’utilisation des sources thermales de Saint-Nectaire-le-Haut remonte à l’époque romaine, comme en témoignent les thermes troglodytiques et les vestiges découverts lors de plusieurs campagnes de fouilles : piscines, villas, voies dallées, thermes situé sous les Bains Romains. Les thermes troglodytiques sont accessibles.
Selon une légende, des fées résidaient dans les grottes du Mont, déjà nommé Cornadore lorsque Nectaire, disciple d'Austremoine, prêche la foi de Jésus à la fin du IIIe siècle. Accompagné des prêtres Auditor et Baudenius, il y fit bâtir une première église qui accueillait ses reliques après sa mort. On ne sait rien de ce qui advint de Saint-Nectaire entre la mort de ces prêcheurs et le XIIe siècle, hormis l'existence d'un village révélé par des fouilles, qui fut construit autour d'un lieu de culte. Le premier document mentionnant Saint-Nectaire est un livre du XIe siècle relatant la vie de Saint-Austremoine. Entre 1146 et 1178, les moines de la Chaise-Dieu reçurent en donation de la part de Guillaume VII, comte d'Auvergne, la terre de Saint-Nectaire pour y établir un prieuré. Par la suite, une splendide église romane y est érigée, un des plus beaux joyaux de l'art roman auvergnat.
L’utilisation de l’eau thermale semble remonter à la fin du XVIIe siècle. Leur renommée serait due à Lafond père et fils, médecins de la ville de Besse et docteurs en médecine de la Faculté de Montpellier. Mais la localité réputée pour ses sources et ses eaux prendra véritablement son essor au XIXe siècle avec le développement du thermalisme, ce qui crée de facto deux "villes" dans la petite ville : Saint-Nectaire-le-Haut sur le mont Cornadore, avec l'église et le cœur ancien, et Saint-Nectaire-le-Bas, avec les thermes et établissements hôteliers du XIXe siècle et équipements de loisirs dont un casino.
Une découverte de Saint-Nectaire doit débuter, dans sa partie haute, par l'église homonyme, un superbe édifice de l'architecture romane auvergnate élevé par les moines de l'abbaye de La Chaise-Dieu. Sur le mont Cornadore, l’église romane de Saint-Nectaire illumine comme un phare les âmes égarées qui restent saisies devant cette perfection architecturale datée du XIIe siècle. Édifiée en pierres de lave, dotée d'une coupole, elle surplombe le village. Présentant un plan typique avec deux tours en façade, une nef, des collatéraux et des chapelles au niveau du transept, l'église est réputée pour sa centaine de chapiteaux, la plupart polychromes.
A l'intérieur de ce monument en l'honneur de saint Nectaire, se dévoilent pas moins de 103 magnifiques chapiteaux sculptés, ainsi qu'un trésor composé notamment du buste de saint Baudime, en cuivre doré, d'une statue de la Vierge de Notre-Dame-du-Mont-Cornadore et de reliques. Réputé pour son fromage de caractère, le paisible village de Saint-Nectaire, est dominé par la silhouette de son église du XIIe siècle.
Quittez le monde religieux roman pour rejoindre Saint-Nectaire-le-Bas et la station thermale dotée de plus de quarante sources. Formant la ville basse, les villas et grands hôtels de la ville thermale s’étirent le long du ruisseau le Courançon. Saint-Nectaire-le-Bas se compose en 1825 de quatre maisons bordant une route étroite surplombée de roches. Les Gravières ne sont qu’un marécage. Les eaux du Courançon vagabondent. La montagne du dolmen, sans végétation, est triste mais pittoresque.
Tous les éléments constituant le quartier thermal s’alignent le long de l’étroite vallée : le casino, le petit viaduc ou passerelle construit vers 1890 par l’entrepreneur Jean Giraudon pour relier le parc du Dolmen au Casino, le parc du dolmen, l’ancien Grand Hôtel du Parc et les villas longeant le parc thermal, les anciens Grands Thermes, aujourd'hui l'office de Tourisme, les Bains Romains intégrés à l’hôtel Mercure et quelques anciens hôtels et villas. Le nouveau centre de remise en forme Thermadore au centre de Saint-Nectaire, entre les deux quartiers thermaux.
A gauche de l’office de tourisme, la villa russe a été construite en 1890 pour accueillir un prince Orlof de la famille impériale. A partir des établissements thermaux nés au début du XXe siècle le long de la vallée de la Couze, Jean Giraudon, entrepreneur, décida vers 1880 de créer une station dont il se fit le promoteur, l'urbaniste, l'architecte et le constructeur. Après l'édification des thermes et du casino, il éleva des villas à des fins locatives dont cette villa russe au style éclectique, mariant des emprunts à l'architecture balnéaire à des références à l'architecture neo-mauresque.
La ville thermale de Saint-Nectaire, qui aligne ses boutiques le long de la D 996, possède plus de quarante sources. Leurs eaux jaillissent à des températures allant de 8 à 56°. Ses installations de cure se groupent dans le moderne établissement thermal des Gravières. Les eaux saint-nectairiennes sont soit froides et oligométalliques, soit chaudes et polymétalliques, carbogazeuses, bicarbonatées sodiques. Leurs bienfaits sont connus depuis l’Antiquité, mais seules les sources de Saint-Nectaire-le-Haut étaient exploitées.
Un autre pan majeur du patrimoine local réside dans le foisonnement des sources et grottes résultant de la richesse géologique de la région. En remontant la rivière, la route nous entraîne vers les grottes du Cornadore, situées sous le mont du même nom. Des baignoires romaines ont été découvertes dans ces cavités. C’est ici et à la fontaine pétrifiante de Saint-Nectaire que l’on comprend l’importance hydrominérale de ces villes thermales qui jalonnent le Massif Central.
Le site des Grottes du Cornadore met en valeur le parcours romain : les thermes troglodytiques renfermant un tepidarium (salle tiède), un caldarium (salle chaude), ainsi que leurs installations : 2 baignoires parfaitement conservées, une piscine, les cuves des bains. Lors de votre visite des grottes du Cornadore, outre la découverte du parcours rituel des bains et des thermes de cette époque. Vous suivrez la galerie piquetée de stalagmites, ce parcours sensationnel vous permettra d’admirer de nombreuses curiosités géologiques forgées par la nature depuis plusieurs milliers d’années.
A proximité, arretez-vous à la Maison du Saint-Nectaire, un espace dédié au célèbre fromage à pâte onctueuse et au petit goût de noisette. Plusieurs sites ont été mis en valeur et se visitent comme les Fontaines pétrifiantes, un ensemble de sources chaudes qui jaillissent de la terre en bouillonnant et ont donné naissance à un artisanat singulier. Grâce au curieux phénomène des fontaines pétrifiantes, par dépôt du bicarbonate de calcium, et à l’aide de moulages, sont réalisées des œuvres d’art. Il y a de nombreuses balades autour de Saint-Nectaire, notamment l'ascension du Puy de Mazeyres, elle offre de beaux panoramas à travers la région environnante. La petite cascade de Saillant est également un lieu pittoresque, idéal pour un pique-nique.