Au XIème siècle, construction de l'église dont il subsiste l'abside. A la fin du XIe siècle, elle est ruinée par la rébellion des " moines rouges ". Au début du XVe siècle, l'abbé Jacques de Senecterre fait réaliser d'importants travaux. Le prieuré devient au XVe siècle la résidence des abbés de La Chaise-Dieu. Les moines casadéens entreprennent alors la restauration du prieuré pour en faire un lieu de villégiature.
Le prieuré ne subit pas de dégâts pendant les guerres de religion. Il abrite les moines de l'abbaye de La-Chaise-Dieu à la suite de l'incendie de leur abbaye par les Protestants en 1572. En 1640, l'abbaye passe sous la responsabilité des bénédictins de Saint-Maur. Le cardinal de Rohan, impliqué dans l'affaire des colliers de la reine, en exil à La Chaise-Dieu, séjourna à plusieurs reprises à Chanteuges. Pendant la Révolution, l'abbaye et ses biens furent vendus comme biens nationaux.
Le prieuré de Chanteuges possède une très belle église datant du milieu du XIIe siècle dédiée à Saint Marcellin avec un beau cloître et la chapelle Sainte-Anne, dite chapelle de l'Abbé. Des travaux au cours des siècles ont modifié cet ensemble, mais l'essentiel est préservé.
L'église romane présente une nef à quatre travées, mais les voûtes d'ogive sont du XVème. La façade : dominée par un puissant clocher, la façade occidentale est percée d’une haute baie à remplages flamboyants qui écrase par ses dimensions le porche d’entrée.
Les chapiteaux (44) attribués pour une partie à l’atelier de Mozac, sont décorés d'animaux ou de personnages mythiques ou réels, ils comptent parmi les plus belles réalisations de la sculpture romane auvergnate, ils ont été attribués au meilleur sculpteur de la basilique Saint-Julien de Brioude. D'autres chapiteaux peuvent être rapprochés de ceux de l'église Saint-Georges de Saint-Paulien.
La chapelle Sainte-Anne ou chapelle de l’abbé édifiée par Jacques de Senecterre avant 1518 à la mémoire de sa sœur Anne, c’était la chapelle particulière de l’abbé. Il pouvait y entrer directement de ses appartements par une porte ouvrant à l’étage, l’élévation de la chapelle étant coupée par un plancher en forme de tribune.
Composée de 2 travées terminées par une abside trapézoïdale percée de trois hautes fenêtres, elle est voûtée sur croisée d’ogives dont les nervures s’élancent d’une seule volée depuis leurs fins bases prismatiques. Portant les 5 fuseaux, les clefs de voûte sont aux armes de Senecterre.
Dans l’abside sont ménagés un enfeu et trois niches superposées sans doute destinées à l’accueil d’objets de culte. Flamboyant, le terme convient bien à cet édifice de style gothique construit à l’extrême fin du moyen-âge.