Selon la tradition, l'abbaye Blanche de Mortain a été fondée par Guillaume, fils du comte Robert de Mortain, et placé sous la direction d'Adeline de Mortain, sœur de Vital de Mortain, fondateur de l'abbaye de Savigny. La datation de la fondation est sujette à caution. Adeline prend possession du domaine sur lequel sortira de terre un prieuré en 1105. Cette date est retenue par la plupart des sources. D'autres mentionnent cependant les dates de 1112 et de 1120. Vital de Mortain, chapelain du comte Robert de Mortain, lui-même demi-frère de Guillaume le Conquérant, apporta toute son expertise à Adeline pour l'aider à fonder une abbaye destinée exclusivement à des moniales. Adeline installe les « dames blanches », des religieuses de l'ordre de Citeaux aux vêtements de laine écrue, dans un premier temps au Neufbourg. Elles s'implantent ensuite sur un terrain à l'entrée de la gorge de la Cance.
L'abbaye Blanche n'est pas richement dotée ce qui lui vaut de perdre son titre d'abbaye entre 1350 et 1650 pour celui de prieuré. À partir de 1350, les supérieures sont des prieures : Clémence de Sousville, Mathilde, Marguerite Ire de Creuilly, Michelle de Heurcou, Marguerite II d'Argouges, Marguerite III de Cruesli, Guillemine de Valborel se succèdent. le xvie siècle est une période de désordre. En 1567, il n'y a que quatre religieuses au lieu de douze que doit réunir l'abbesse selon sa fondation. Lucie de Carbonel décède en 1578 ; suivent : Jeanne de Grimouville et Jacqueline de Saussay. En 1612, l'abbaye est réparée9. Françoise de Baise et Isabelle de Saussay, fille du baron de Clais, sont les dernières prieures.
Le prieuré devient l'Abbaye Blanche en 1648 sur décision de Louis XIV. Jeanne- Marie de Lesquen, nommée par le roi en 1778 est la dernière abbesse de l'abbaye Blanche (Abbaye Royale) ; elle dirige treize religieuses, dix sœurs converses attachées au service domestique et deux oblates lorsque la Révolution les chasse. En 1791, l'hospice de Mortain est transféré du Rocher dans les locaux vacants de l'abbaye et une fabrique de tissus pour mouchoirs est installée dans les bâtiments encore disponibles. Sous le Premier Empire, le quartier de la cour des Tilleuls, sert de dépôt de prisonniers de guerre, majoritairement espagnols.
Au XIXe siècle, les bâtiments conventuels sont détruits et remplacés par des constructions hautes et austères qui abritent le petit séminaire de 1820 à 1906. En effet, en 1820, François Dary, curé de Romagny achète les bâtiments de l'abbaye Blanche pour le compte du diocèse de Coutances et d'Avranches, installe un petit séminaire et l'hospice regagne les bâtiments de l'ancien prieuré du Rocher. Il s'agit de la partie plus contemporaine de l'abbaye. Ce bâtiment imposant, qui comporte pas moins de 300 fenêtres, a été construit entre 1854 et 1871. Certaines parties de l'abbatiale du XIIe siècle ont été détruites à cette occasion. Dans le cadre de ce chantier, le vieux porche datant de 1699 a été déplacé vers sa position actuelle, devant la route nationale.
Le vaste parc est aménagé avec un chemin de croix en analogie avec les paysages de montagne, une statue monumentale de la Vierge est édifiée au sommet des rochers, qui est bénie le 20 mai 1890 par l'évêque Abel-Anastase Germain, en présence de 400 prêtres et devant 3 000 personnes. Suite aux lois de séparation de l’Église et de l’État de décembre 1905, le petit séminaire est fermé. L'institution s'installe en 1906 dans l'école Sainte-Marie à Ducey, jusqu'en 1913, date de l'ouverture de l'Institut Notre-Dame d'Avranches qui prend en charge ses élèves. De 1906 à 1914, le petit séminaire, abandonné à l'État est loué à un entrepreneur de colonies de vacances, qui, chaque année, y amène des groupes d'enfants parisiens.
Pendant la Première Guerre mondiale, l'abbaye est transformée en hôpital militaire provisoire, qui accueille du 28 octobre 1916 au 10 décembre 1918 quelque 8 596 blessés, d'abord des soldats allemands prisonniers, puis des Belges. Après la guerre, l'entrepreneur de colonies de vacances songe à acheter l'abbaye, mais un groupe de défense emmené par le sénateur Adrien Gaudin de Villaine fonde la société Le Bocage Mortainais et achète l'ancien petit séminaire et l'ancien couvent des Ursulines. Les Pères du Saint-Esprit, missionnaires en Afrique louent l'abbaye Blanche et y installent 85 aspirants missionnaires en 1923.
La Seconde Guerre mondiale voit l'installation d'une caserne allemande de 1940 à 1944 puis d'une maternité. En 1945, Marcel Lefebvre, figure de l'Église catholique, est rappelé du Gabon pour relever le séminaire de philosophie ; le séminaire forme alors beaucoup de futurs missionnaires africains et garde un lien étroit avec le scolasticat de Chevilly (Val-de-Marne). L'ordre des pères du Saint-Esprit, propriétaire des lieux quitte l'abbaye en 1984, et la communauté des Béatitudes s'y installe en location. Leurs journées sont rythmées par les prières, les rites liturgiques (laudes, vêpres, complies, etc.) et la volonté de respecter la façon de vivre des premiers chrétiens. Une place importante est réservée à l'art par le biais d'expositions et de mises en scène d'une part, et par l'accueil d'artistes au sein de l'abbaye d'autre part parmi lesquels Marcel Hasquin, Hary Rosenthal, Patrick Chupin, Isa Slivance, Michael Lonsdale, Solomon Rossine, Akéji, Rachid Koraichi, la compagnie Habaquq... Un musée missionnaire sur l'ethnographie africaine est également ouvert au public.