La visite de la crypte Sainte-Reine livre les derniers secrets d’une si belle épopée et permet de comprendre l’histoire telle qu’elle a commencé en 719, sous le règne de Charlemagne. Réinvestie par des fabriques d'Anis de Flavigny, l’abbatiale a été redécouverte et ses vestiges aux trésors carolingiens ont été déblayés. Il est possible aujourd'hui de visiter un ensemble de ruines et de cryptes carolingienne restant très intéressant par l’ancienneté de la construction, ainsi que l'atelier de dragéification des Anis de Flavigny. Véritable témoignage de l’époque médiévale, arts gallo-romain, roman, gothique se dévoilent aux visiteurs. Différents supports et textes en plusieurs langues sont mis à disposition pour visiter librement la crypte.
En arrivant à droite, avant de longer le mur de la fabrique des Anis de Flavigny, vous avez certainement remarqué un départ de voûtes ; il s’agit des restes du porche de l’église abbatiale qui permettait aux fidèles d’accéder à l’édifice. Au fond de la cour on trouve le mur sud de l’ancien chœur du XIe siècle. Deux étages marquent l’ancienne travée droite du sanctuaire supérieur, avec au premier niveau trois arcatures sur colonnettes et au-dessus des tribunes composées de deux larges arcatures géminées. Les chapiteaux des arcatures sont sculptés de feuillages archaïques tandis que ceux des tribunes sont très simples. Le bas-côté sud du chœur, correspondant au niveau supérieur du couloir de circulation, fut en partie conservé mais il n’est pas accessible. Les autres parties du chœur ont été détruites, comme la majorité de la nef gothique, dont deux grandes arcades et deux piliers à colonnes engagées du bas-côté sud jouxtant encore l’entrée de la crypte.
Du narthex qui précédait la nef à l’ouest, le compartiment sud est encore existant, converti en boutique des anis. Cette travée construite vers 1170 supportait le clocher sud de la façade. Son ogive aux nervures toriques compte parmi les plus anciens de la région. L’époque de l’art roman tardif se rencontre également dans les arcs brisés, les colonnes engagées flanquées de colonnettes et les chapiteaux au décor de feuillages. On y retrouve l’influence des grands narthex de la Bourgogne romane comme celui de Vézelay.
Les grands corps de logis au sud de l’ancienne abbatiale Saint-Pierre abritent actuellement la fabrique d’anis. Ils entouraient autrefois un cloître dont une partie est conservé à l’intérieur. L’ancienne salle du chapitre, au sud de l’entrée de la crypte est une large salle en berceau abritant le musée lapidaire. De l’enceinte de l’abbaye, construite à partir du XIIe siècle, des parties sont conservées, ouvertes par la porte du Bourg du XVe siècle et la porte Sainte-Barbe du XVIIe siècle. Autrefois elle renfermait encore le réfectoire, les dortoirs, le cellier, les logis, la bibliothèque et les cours et jardins. Au XVIIIe siècle, le logis abbatial fut reconstruit à l’extérieur de l’enceinte par les abbés commendataires. Au XIXe siècle, les maisons du bourg ont réutilisé beaucoup de pierres provenant de l’abbatiale détruite et on peut encore retrouver des traces en parcourant le village.
Les cryptes à deux niveaux de 28 m x 27 m, dont il reste des vestiges conséquents, forment un ensemble particulièrement précieux, puisqu'il offre un témoignage sur l'architecture du haut Moyen Âge en Bourgogne. Le plan s'inspire de celui des cryptes de Saint-Germain d'Auxerre édifiées peu avant (841-859). La construction a débuté à l'occasion de la translation des reliques de sainte Reine depuis Alise-Sainte-Reine, très proche, entre 860 et 878, à l'initiative d'un abbé proche du pouvoir carolingien et nommé Eigil.
On sait par la documentation que le pape Jean VIII (872-882) consacra sept autels le 28 octobre 878. Il faut rappeler que le terme "cryptes", associé au Moyen Âge à un espace voûté et souvent même au simple fait de voûter une chapelle, ne peut être considéré indépendamment des nécessités liturgiques imposées par la présence de reliques et par l'organisation de processions. Celles-ci expliquent à Auxerre comme à Flavigny l'existence d'un large couloir de circulation et de chapelles latérales. L'aménagement, réalisé à partir de la confession encore visible, consiste en un déambulatoire coudé que prolonge trois nefs terminées, à l'est, par une rotonde appelée la Chapelle Notre-Dame des Piliers.
Les cryptes furent remaniées au début du XIe siècle, sous les abbatiats d'Heldric (990-1010) et surtout d'Amédée (1010-1038) probablement. On peut encore voir, notamment, l'escalier ménagé au sud, qui permettait d'accéder à la crypte supérieure. Les chapiteaux sont en outre des témoins de la sculpture des IXe et XIe siècles. Dans un cubicule d'angle du couloir de circulation, au sud, on peut admirer un beau pilier avec chapiteau et tailloir ornés sur leurs quatre faces de motifs végétaux sculptés en méplat. L'abbatiale a été reprise à l'époque romane sous l'abbatiat de Gaucher dans les années 1170, puis à l'époque gothique. La nef de cette abbatiale comptait dix travées.
Le petit musée lapidaire de l’abbaye recèle de nombreuses sculptures romanes provenant des fouilles des parties orientales de l’abbatiale. L’ensemble compte une quarantaine de chapiteaux attestant un important atelier de sculpture de la première moitié du XIe siècle. Les corbeilles montrent la recherche du décor végétal stylisé, avec des feuilles, palmettes et entrelacs, parfois sur plusieurs registres. On y trouve plusieurs thèmes sculptés en méplat comme les quadrupèdes affrontés, les aigles et l’orant, souvent
sculptés en paires de deux chapiteaux jumeaux. Quelques autres chapiteaux de la première moitié du XIIe siècle témoignent peut-être de la reconstruction du cloître de l’abbaye, avec des registres de feuilles d’acanthe ou un personnage affrontant un dragon ailé. Le musée conserve le pilastre carolingien provenant de la cubicule de crypte, avec chapiteau et tailloir saillant, dont le décor de motifs végétaux sculptés en méplat (rinceaux, palmettes, feuillages) est très abîmé. Une autre pièce majeure est le fragment de mosaïque romane du sol du sanctuaire supérieur du chœur découverte pendant les fouilles. Les petits cubes de pierres et marbres en gris noir et blanc révèlent un motif animalier et des entrelacs tandis que le grand motif central a été perdu. Le musée conserve encore des pièces de colonnes et de corniches de la rotonde du 11e siècle, une clé de voute de l’Agneau mystique du XIIIe siècle et des reliefs et statues divers.
Le Louvre à Paris conservent également une grande collection de chapiteaux romans aux décors végétaux et animaliers de la première moitié du XIe siècle, témoignant d’un atelier de sculpture qui était, avec ceux de Tournus et de Dijon, l’un des plus importants de la première période romane en Bourgogne. On y retrouve des doubles rangs de palmettes avec masques humains, un cartouche animalier, deux aigles et deux quadrupèdes se mordant la queue. D’autres chapiteaux et pilastres de l’abbaye ont été dispersés dans des collections privées.
L’abbaye de Flavigny était célèbre pour les manuscrits de l’époque carolingienne provenant du scriptorium monastique. On en conserve des pièces à Paris et notamment les Evangiles de Flavigny de la fin du VIIIe siècle, avec une magnifique table des canons, dans la Bibliothèque municipale du Chapitre d’Autun. Ils témoignent non seulement du dynamisme du scriptorium monastique, mais aussi de l'existence d'un centre d'étude. Il est vrai que dès 796, Flavigny eut pour abbé Alcuin, l'un des principaux acteurs de la réforme culturelle carolingienne et proche conseiller de Charlemagne. On copie à Flavigny des formules juridiques, des livres de liturgie, ou bien on les y conserve, comme cet évangéliaire copié à la fin du VIIIe siècle dans un centre de la vallée de la Loire et portant une magnifique table des canons, dit Évangiles de Flavigny. On peut admirer les compositions peintes qui en décorent certaines pages sur la base Initiales.
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