C'est en se perdant dans les ruelles de Flavigny-sur-Ozerain, en prenant son temps au détour d'un chemin de ronde qu'il faut découvrir ce village. Dirigez-vous vers le Parking Chemin des Jardins sous la Ville, pour stationner votre véhicule. Si vous avez besoin, l'accueil touristique de Flavigny est assuré par la Société des Amis de la Cité de Flavigny. Pénétrez dans le village par la place des Fossés sur votre gauche, puis prendre la direction de l'ancienne Abbaye de Flavigny, il ne subsiste de l'abbaye Saint-Pierre construite que la crypte Sainte-Reine à deux niveaux (28 m x 27 m), dont il reste des vestiges conséquents, forment un ensemble particulièrement précieux, puisqu'il offre un témoignage sur l'architecture du haut Moyen Âge en Bourgogne. Le plan s'inspire de celui des cryptes de Saint-Germain d'Auxerre édifiées peu avant en 841-859.
Abbaye représentée dans le " Monasticon Gallicanum " après sa reconstruction par les Bénédictins de Saint-Maur. L'ensemble a été morcelé à la Révolution et l'abbatiale en grande partie détruite. Dans un premier temps, sont connus la crypte dite de Sainte-Reine et un couloir latéral d'accès au sud, d'époque carolingienne. Cet ensemble est à deux niveaux. Un plan de 1655 permet de reconstituer les lieux. Une " nef " à trois travées et bas-côtés étroits aboutit à une chapelle hexagonale comprenant des colonnes dont certaines sont tréflées. Colonnes, piliers et chapiteaux témoignent de réaménagements du XIe siècle. Des fouilles menées dans les années 1950 permettent également de mettre au jour, au nord, l'équivalent du couloir sud, et de déposer une mosaïque. De magnifiques chapiteaux sont visibles. L'accès à la crypte est gratuit.
Aujourd'hui l'ancienne abbaye abrite la fabrique, le musée et la boutique des Anis de Flavigny. Impossible de venir à Flavigny sans rapporter quelques boîtes d'Anis de Flavigny, voire quelques sacs pour les plus gourmands. L'entrée de la boutique des anis de Flavigny se trouve dans un corps de logis datant des XVIIème et XVIIIème siècles. La boutique est sympathique, mais allez bien jusqu'au fond. Vous traversez un élégant salon de thé, puis un petit musée gratuit vous explique tout sur les Anis de Flavigny. En arpentant les étroites ruelles, vous passerez devant une ancienne draperie, près de l’abbaye, où l’on tissait la laine marron des moutons burels servant à confectionner la bure des moines.
Poursuivre votre déhambulation dans la rue des anciennes halles, le village actuel a la particularité d’avoir conservé une grande partie de sa voirie d’origine médiévale. Sur votre droite admirez la Maison Buret du XVe siècle situé au n°9 de la rue de l'Eglise. Belle façade avec une statue de la Vierge en pierre.
Flavigny-sur-Ozerain a longtemps été le berceau de tisserands de laine et de soie, de tanneurs de chanvre, de potiers d’étain et de verriers. Par ailleurs, la maison des Arts textiles et du Design, dans la rue Voltaire, permet de balayer plusieurs pans de ce passé artisanal. Un musée "Arts & Crafts" a été créé à Flavigny en 1970 par Daniel Algranate qui avait posé là sa vie, ses ateliers et son jardin. Devenu musée et centre de recherche en Bourgogne, le lieu possède aujourd'hui une belle bibliothèque, un atelier de teintures naturelles. Le musée est dédié à l'intelligence des paysans-artisans qui, tout autour de la terre, ont façonné les campagnes et sont aux sources de la culture dont nous avons tous hérité.
Vous arrivez près des bâtiments dits "Maison Lacordaire", toute la partie qui descend le long de la rue de la Porte du Val date du XIIIe siècle. Elle comportait trois rangées de fenêtres à trilobes géminées dont plusieurs subsistent encore. Ces bâtiments furent le logis du Grand Bailli de l'Auxois, puis le siège du Parlement Royaliste de Bourgogne, à l'époque de la Ligue. En 1848, le Père Henri-Dominique Lacordaire, venu restaurer l'Ordre des Dominicains, y demeura quelques années. Descendez vers l'une des porte défensive de Flavigny, la porte du Val.
La porte du Val avec ses deux tours rondes, date du XIIIe siècle, elle constituait autrefois l'entrée principale de la ville. Sa voûte dessine un segment de cercle. On doit l'enceinte fortifiée de Flavigny et ses quatre portes à Renaud II, seigneur et abbé. Il la fit construire pour protéger l'abbaye mais aussi la cité, alors riche cité marchande. Poursuivre sur la droite dans la rue du Four, au n°19 se trouve la Maison dite des Ecuyers du XIIIe siècle. La maison des Baillis, avec ses cinq niveaux d’élévations et 300 m² de surface par étage est la plus grande demeure gothique conservée en Auxois. Richement ornée de cordons, baies géminées à linteaux trilobés, piédroits à colonnettes et chapiteaux agencés harmonieusement et soulignée d’un tympan sur le mur pignon, cette maison exceptionnelle rappelle le programme de maisons polyvalentes dédiées au stockage (parties basses) et à la résidence (parties hautes).
Avez-vous vu le film "Chocolat" ? Ce film a reçu cinq nominations pour "Oscar", quatre nomination pour "Globe d'Or" et a fait connaître Flavigny-sur-Ozerain dans monde entier. Sur votre chemin, vous passerez devant la Boutique du Film. Juliette Binoche, Johnny Depp, Dame Judy Dench et de nombreuses autres personnalités célèbres sont apparues dans le film. Arrêtez-vous également à l'église Saint-Genest du XIIIe siècle construite à l'emplacement d'une ancienne église romane. Sa disposition est très rare puisqu’elle comprend des tribunes qui donnent sur les bas cotés.
Entrez à l'intérieur de l'église Saint-Genest pour admirer son mobilier orignal. Elle comprend aussi des stalles du XVIe siècle, finement sculptées, qui représentent un bestiaire grimaçant dans des attitudes de la vie quotidienne. Elles étaient destinées à la “Confrérie des Messieurs de St Genès”. Mais aussi une tribune centrale de style gothique agrémentée d’une grande balustrade. Et aussi un important statutaire avec notamment une vierge allaitant qui date du XIIe siècle. Elle abrite également les reliques de sainte Reine depuis 1793.
Non loin de l'église St Genest, la maison au donataire a été acquise par la société des amis de Flavigny et accueille les visiteurs puisqu'elle est un point d'information. La maison au Donataire présente une façade du XVe siècle et tire son nom de la présence d'un personnage qui accompagne la statue polychrome de la vierge à l'enfant. Elle se trouve dans une niche richement décorée de la façade, et le personnage qui se tient aux pieds de la Vierge serait le donataire de l'oeuvre d'art.
La maison à la louve se trouve à quelques mètres de la maison au donataire, cette belle demeure datée du XIIIe siècle pour ce qui est de la gargouille au loup abrite une splendide statue de Vierge à l'enfant datant du XIVe siècle, et visible de la rue. La maison se caractérise également par une sculpture de louve qui se détache tout en haut près de la toiture, c'est une gargouille du XIIIe siècle.
Suivre la rue de l'Hôtel de ville, à l'angle de la rue Mirabeau ; la maison a été construit au au XIVe siècle. La Rue de la Poterne, vous emmène vers la Porte de La Poterne reconstruite au XVe siècle, mais date de l'édification des remparts de Flavigny au XIIIe siècle. La porte de la poterne constitue l'une des quatre portes d'entrée de la citée fortifiée. Remarquez la niche qui se trouve dans sa partie supérieure. Elle abritait une statue de Saint Vincent, patron des vignerons. La statue aurait été brisée et les débris auraient été jetés dans le champ en contrebas.
Continuez votre balade par la Grande Rue, au passage admirez la Fontaine Abel Labourey, elle date du 1865. Avant cette date, le village est alimenté en eau grâce à des citernes qui récoltent l'eau de pluie. A proximité, la tour de Guet du XVe siècle. Cette tour est l'une des rares tours de ce type encore debout de nos jours. Observez ses meurtrières et son joli encorbellement. Un encorbellement c'est lorsque les étages supérieurs dépassent par rapport au premier étage. Cette technique de construction est très à la mode au Moyen-Âge. Elle permet de gagner de la place.
Construit en 1700, l'hôtel particulier du marquis de Souhey est aujourd'hui occupé par les moines bénédictins de l'abbaye Saint-Joseph de Clairval. Abbaye Saint-Joseph de Clairval dans la Grande Rue, est une abbaye bénédictine. Fondée en 1972, l'abbaye n'a pas de rapport direct avec l'abbaye de Flavigny, cette dernière n'étant plus occupée par des moines depuis la Révolution française. Issus de la branche olivétaine, les moines portent la bure noire et la coule blanche.
Sortez du village par la Porte du Bourg, elle fait partie des quatre portes d'entrée de cité médiévale fortifiée. Renaud II; seigneur Abbé fera construire une première enceinte fortifiée, pour protéger l’abbaye et la ville. Cette ancienne porte est datée du XVe siècle, l’ancien pont levis lui était daté du XIVe siècle. Remarquez les encoches dans la partie supérieure qui permettaient de remonter la porte en bois. Fait rare, cette porte possède deux entrées, une entrée piétonne à gauche et une entrée cochère pour les calèches à droite.
Situé en contrebas du village, le domaine viticole de Flavigny est très ancien. Il était déjà renommé en 741 et sa superficie atteignait 480 hectares en 1820, mais le phylloxera et différents facteurs économiques le font disparaître à la fin du XIXe siècle. À partir de 1994, le vignoble est replanté et les bâtiments d'une ancienne dépendance monastique sont transformés en conséquence. Celui-ci prend le nom de Flavigny-Alésia. La commune est classée en indication géographique protégée "Coteaux de l'Auxois".