La Collégiale Notre-Dame de Beaune se trouve dans l’ancien castrum gallo-romain de Belena. Depuis la fin du V° siècle, le culte est pratiqué dans l’enceinte du castrum grâce à la petite église Saint-Baudèle. A proximité immédiate, c’est vers 970 que Henri le Vénérable, duc de Bourgogne, décide de fonder un premier édifice plus important avec un chapitre de chanoines. Une première église fut alors construite vers l’an 1000 avec les matériaux provenant du castrum antique. Imaginez la région au temps des Croisades, lorsque de nombreux pèlerins et chevaliers arpentaient les routes de Bourgogne sur le chemin de Jérusalem. Pour les accueillir, les ducs de Bourgogne et le clergé local avaient décidé de construire une grande église dédiée à la Vierge Marie.
Au XII° siècle, Etienne de Bâgé, évêque d’Autun, appuie le souhait d’Hugues II le Pacifique et sa femme Mathilde de Turenne de construire un édifice plus grand, dans le style clunisien, marquant la prospérité de Beaune à cette époque. Un fragment du maître-autel en marbre blanc, dit « de la Duchesse Mathilde », en est le seul vestige sauvé de sa destruction en 1793. L’illustre évêque d’Autun, Etienne de Bagé fait construire à la même époque la cathédrale d’Autun et Saint-Andoche de Saulieu. En 1162, Mathilde de Turenne est enterrée sous le maître-autel.
L’église est agrandie pendant la deuxième moitié du XIIe siècle par le duc Hugues III (1148-1192). En 1265 eut lieu la translation des reliques de saint Flocel et de saint Herné de l’ancienne église Saint-Flocel à Notre-Dame. Deux travées de nef furent ajoutées pour recevoir les foules de pèlerins visitant l’église et c’est seulement au début du XIIIe siècle que la grande église romane fut terminée. La construction est conduite d’un seul jet jusqu’à la fin du XIIIe siècle, ce qui lui donne sa remarquable unité. C’était alors la plus grande église de la ville et l’une des plus importantes du duché.
L’incendie de 1272 amène quelques remaniements dans les parties hautes du chœur : les fenêtres romanes de l’abside sont remplacées par de grandes fenêtres à remplage et des arcs-boutants viennent renforcer l’édifice. La tour supportant le clocher est elle aussi remaniée. Deux tours de façade et un porche largement ouvert complètent l’ensemble au XIVe siècle. La flèche gothique sera remplacée en 1580 par un dôme à lanterne, dit « à l’impériale », sur les plans d’Hugues Sambin.
Le cloître et la salle capitulaire sont reconstruits au XIIIe siècle par le chapitre, comptant trente chanoines à cette époque. L’ancien cloître et les bâtiments canoniaux flanquent l’église du côté sud. Du cloître subsiste une seule galerie avec quatre travées voûtées d’ogives, prolongée par une chapelle également voûtée d’ogives. Les arcatures géminées avec colonnes jumelles et piliers octogonaux et les chapiteaux aux crochets et perles annoncent le début du gothique. La salle capitulaire voûtée d’ogives s’ouvre sur d’autres arcatures sur colonnettes. A l’étage du bâtiment, le logis du XVe siècle est l’ancienne bibliothèque du chapitre. La tourelle d’angle, de style Renaissance, présente un plan octogonal et conserve une porte en accolade. Sur le préau du cloître, une porte en arc brisé à colonnes et chapiteaux au décor végétal s’ouvre sur l’impasse Notre-Dame.
A la fin du Moyen-Age, l’église est complétée par un nouveau porche gothique et par des séries de chapelles latérales. Des chapelles viennent s’adosser à la nef entre le XIIIe et le XVIe siècle, dont la chapelle Saint-Léger, ornée de peintures murales médiévales, et la chapelle financée par la Jean Bouton du Thillot au XVIe siècle, avec son superbe plafond à caissons Renaissance et sa balustrade extérieure richement ornée, sont les plus remarquables. La collégiale Notre-Dame fut en grande partie épargnée à la Révolution.
La dernière intervention d’importance aura lieu au XIXe siècle, à la suite de la visite de Viollet-le-Duc en 1844. C’est son gendre Maurice Ouradou, également chargé d’importants travaux de rénovation à l’Hôtel-Dieu, qui en assurera la direction à partir de 1860 avec l’architecte beaunois Alphonse Forest. L’église fut nommée basilique mineure en 1958 par le pape Pie XII. Aujourd'hui, la collégiale Notre-Dame est devenue depuis sa construction un haut lieu de pèlerinage, notamment grâce à sa Vierge noire polychrome sculptée dans un bois fruitier qui s'est assombri au fil du temps.
Longtemps desservie par un collège de chanoines séculiers vivant en communauté dans des maisons encore visibles. L’église était entourée à l’origine d’une vingtaine de maisons canoniales. La maison du chapitre, bordant l’impasse Notre-Dame et une cour triangulaire, en est le vestige. C’est un grand bâtiment du XIIIe siècle, remanié mais bien conservé, présentant un sous-sol avec deux caves voûtées d’arêtes, un étage avec des colonnes et une cheminée, et un grenier charpenté. Le pignon du bâtiment conserve des baies géminées trilobées à colonnettes.
La visite extérieure de l’église montre la superposition des parties romanes et gothiques. Une caractéristique unique de la basilique collégiale de Notre-Dame-de-Beaune est son grand porche ombragé, qui constitue une porte d'entrée spectaculaire. La basilique présente le plan des grandes églises de pèlerinage, avec une nef à bas-côtés de six travées, un transept et un chœur orienté à déambulatoire et chapelles rayonnantes. Le style clunisien de l'ensemble avec le décor de pilastres cannelés et de chapiteaux s’est directement inspiré des cathédrales d’Autun, nettement plus ancienne, et de Chalon, bien que l'architecture du chœur soit plus développée à Beaune.
Ses trois vaisseaux de deux travées sont voûtés d’ogives et reposent sur des piliers et sur deux colonnes centrales. On y remarque une balustrade avec des gargouilles sculptées. A droite de la façade, la Chapelle de Bouton présente une balustrade à galerie de bois et un riche décor de frises sculptées de la Renaissance. La nef est flanquée de chapelles gothiques à baies flamboyantes. La partie haute possède de petites baies et arcatures romanes et de grands arcs-boutants gothiques.
Le transept présente de hauts pignons romans percés de baies. Le beau clocher de l’église, surmontant la croisée du transept, fut construit en plusieurs étapes. Le premier étage est constitué avec des arcatures aveugles et des pilastres cannelés. L’étage supérieur s’ouvre par trois baies ogivales entre deux arcatures aveugles par face, décorées de voussures, de colonnettes et de chapiteaux. Le chevet à trois étages est d’un très bel effet. Les parties basses et les chapelles sont romanes, tandis que les parties hautes, comprenant les baies gothiques de l’abside et les arcs-boutants.
Le vaisseau de la nef, couvert de voûtes en berceau brisé sur doubleaux, s’élève sur trois étages selon le modèle clunisien. Le premier étage est celui des grandes arcades brisées à double rouleau, reposant sur des piliers cruciformes flanqués de deux colonnes engagées et de deux pilastres cannelés. Au niveau intermédiaire, un triforium aveugle se compose de triples arcatures avec pilastres cannelés et chapiteaux. Le dernier étage est illuminé par de doubles fenêtres hautes entourées d’arcatures. Les pilastres soutenant la voûte y sont flanqués de deux colonnettes.
Les œuvres d’art sont particulièrement nombreuses dans la Collégiale Notre-Dame. Au moyen-âge, l’église est polychrome, elle parle et enseigne grâce aux représentations.
Les chapiteaux, bien que beaucoup ne soient pas décorés, ou inachevés, et que l’ensemble n’approche pas la beauté d’Autun ou de Saulieu, quelques uns méritent un regard attentif. Citons les chapiteaux historiés sur les piliers droits de la nef dont l’Arche de Noé et la Lapidation de Saint Etienne, comme à Autun, avec le saint agenouillé levant les mains vers le ciel et la main de Dieu. L’Arche de Noé et l’Arbre de Jessé, présentant deux rois tenant des fruits, sont également des sujets connus d’Autun. Les funérailles de saint Antoine avec un lion creusant la fosse est un sujet existant à Vézelay
Plus insolites et cachés contre le mur de façade de l’église, deux scènes d’animaux musiciens représentent une chèvre jouant l’harpe et un âne musicien à la flûte de pan. Ces animaux musiciens rappellent les Fables d’Esope. Les autres chapiteaux sculptés présentent des motifs géométriques et végétaux avec des palmes, des têtes humaines, des oiseaux et des feuilles simples. Dans le chœur et le rond-point de l'abside, on trouve des feuillages simples. Les chapiteaux des parties occidentales de la nef ont déjà des traits gothiques.
La première chapelle au sud, la Chapelle de Bouton, a un plafond à caissons et un arc sculpté de style Renaissance. La chapelle Saint-Léger ou chapelle du Cardinal Jean Rolin au nord conserve un riche décor peint par Pierre Spicre aux années 1470, montrant entre autres la Résurrection de saint Lazare et le Martyre de saint Etienne. Trois retables de pierre ornent les chapelles latérales : L’enfance de Jésus, la Passion et la vie de Saint Pierre sont les thèmes de trois retables sculptés déposés dans les chapelles latérales de Notre-Dame
Deux portails romans latéraux sont à visiter. Le portail sud, le plus grand, s’ouvre dans le croisillon nord sur le cloître. Il est cantonné de deux voussures à rinceaux et de quatre colonnes dont les chapiteaux sont sculptés de décors végétaux, de deux femmes-oiseaux et d’un combat de coqs. Le portail nord, caché sur la rue par un petit porche du XVe siècle, conserve deux colonnes avec chapiteaux à décor végétal et une voussure avec des traces de polychromie.
D’autres œuvres remarquables vous attendent, les fresques très réalistes de la Chapelle Saint Leger, exécutées au XVIe siècle et dans le chœur, les tapisseries de la Vie de la Vierge, tissées en soie et laine sur 19 panneaux, remarquablement bien préservés. c’est en 1501 que le Chapitre reçoit de l’archidiacre Hugues III Lecoq six nouvelles tapisseries de chœur. Les cartons en sont attribués à Pierre Spicre. Tissées en laine et soie, elles comportaient à l’origine 21 tableaux : sur un fond « mille fleurs », ces scènes de la vie de la Vierge sont inspirées de la Légende dorée de Jacques de Voragine, un recueil paru en 1260. Les tapisseries avaient au fil du temps été démontées, dispersées et réservées aux usages les plus divers. J. Humbert les avait sauvées de la destruction en 1852. .
Autre particularité de cette église est qu'elle abrite une Vierge Noire. Il existe environ 500 vierges noires dans le monde, mais on ne connait pas bien l'origine de leur couleur. Souvent la couleur noire se trouve uniquement sur le visage et les mains, comme la peau en somme. En fait il pourrait s'agir d'une oxydation des pigments utilisés qui avec le temps passent de rose à noir. Ce qui est certain c'est que la Vierge Noire fascine et de plus en plus de pèlerins viennent la prier à Beaune.