Pendant cette même période, en 1152 le Labourd devient possession anglaise à la suite du mariage d'Aliénor d'Aquitaine avec Henri Plantagenêt ; c'est alors que les Vascons s'organisent et fondent le royaume de Navarre qui perdurera jusqu'au XVIe siècle.
Au cours du XIVe siècle, le Béarn connait sa période historique la plus éclatante. Le très carismatique Gaston III de Foix-Béarn (1343-1391), plus connu sous le nom de Gaston Phoebus, profite des incessants combats entre les monarchies française et anglaise pour obtenir un statut d'autonomie pour le Béarn.
De la Renaissance à la Révolution
En 1449, la Soule passe des mains de la couronne anglaise à la vicomté du Béarn qui sera ensuite rattaché au royaume de France par l'édit d'octobre 1620. A la moitié du XVe siècle, le Labourd devient possession du domaine royal. Henri III de Navarre né à Pau en 1553 devient Henri IV roi de France trente et un an plus tard. Marguerite de Navarre, sa grand-mère puis Jeanne d'Albret, sa mère, promulguent la religion réformée dans la région.
Plusieurs églises réformées se créent. La guerre de religion (1562 -1598) sera ici particulièrement sanglante. La Basse-Navarre, encore royaume distinct du royaume de France à cette époque-là, connaît, elle aussi, des conflits de religion entre 1560 et 1572. En 1620, le Béarn et la Basse-Navarre sont rattachés au royaume de France. Un processus de pacification qui sera conforté par la signature du traité des Pyrénées en 1659 sur l'ile des Faisans à Hendaye et le mariage de Louis XIV et Marie-Thérèse d'Autriche infante d'Espagne en 1660 à Saint-Jean-de-Luz.
A la fin du royaume de France et lors de la départementalisation de la France en 1789, les demandes pour la création d'un département basque restèrent sans suite et le 4 mars 1790, le nouveau département des Basses-Pyrénées est créé à partir du Béarn, des trois provinces basques : Labourd, Basse-Navarre et Soule, les villes de Bayonne et de Bidache et d'une vingtaine de communes gasconnes de la Soubestre. Les Basses-Pyrénées prendront le nom de Pyrénées-Atlantiques le 10 octobre 1969.
De la Révolution au XXIe siècle
Au XXe siècle, la Guerre Civile Espagnole et la Guerre de 38-45 poussent à nouveau les habitants du département à partir en grand nombre. Ils vont vers le Canada, mais surtout vers les Etats-Unis.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, les Allemands investissent toute la côte Atlantique pour construire le fameux " Mur de l'Atlantique ".
Après 1950, le département connait un développement industriel rapide dans les domaines de l'aéronautique, la chimie, la métallurgie se développe. A partir de 1965, le gaz de Lacq, découvert en 1951, est distribué dans toute la France. L'agriculture est essentiellement orientée vers l'élevage. Grâce à ces atouts naturels, océan et montagne, au thermalisme et à la thalassothérapie, le département devient une destination touristique tout au long de l'année.
Doté de deux aéroports internationaux : Pau et Biarritz, d'une autoroute (A65) qui relie les plus grands axes, du port commercial de Bayonne et d'un bon réseau ferroviaire, le département des Pyrénées-Atlantiques est attractif pour les entreprises, il innove beaucoup et recense plusieurs technopoles et parcs scientifiques.