C’est au milieu du XIe siècle, époque de grandes reformes religieuses du pays sous Louis VII, que le monastère trouve son essor. L’église fut consacrée à nouveau en 1135. L’église d’une rare splendeur n’était pas encore achevée, la construction se poursuivait pendant la première moitié du XIIe siècle et la construction initiale fut agrandie à plusieurs reprises.
L'ensemble atteignit la longueur impressionnante de 120 mètres de longueur, c’était la plus grande église de France après Cluny III : l’ensemble merveilleusement décoré se composait d’une façade à cinq portails sous deux tours, d’une nef de dix travées à doubles bas-côtés, d’un large transept à chapelles orientées et d’un grand chœur à déambulatoire et chapelles rayonnantes. Une ville commerciale s’élevait alors autour du prieuré et les remparts de la ville furent renforcés en 1164 par le prieur Rodolphe de Sully. (En 1181, Philippe Auguste autorise la création d'une première enceinte qui est renforcée et fortifiée en 1164, qui s'ajoutait à l'enceinte ceinturant le monastère).
Corrélativement, la prieurale commença à créer des filiales en Bourgogne, dans les régions françaises voisines et certains pays étrangers (Angleterre, Italie, Portugal). Le prieuré bénédictin comptera près de 400 dépendances dans tout le monde chrétien jusqu'aux portes de la Terre sainte à Constantinople.
Dès les travaux du XIIe siècle, l'accent fut mis sur la beauté artistique et la multiplication des chapiteaux, notamment dans le chœur. Notre-Dame de La Charité est une véritable vitrine du style roman et de son ornementation. Deux incendies, en 1204 et 1216, causent des destructions de l’église, et peut-être déjà la chute du clocher sud de la façade. En 1209, Une église paroissiale dédiée à Sainte-Croix fut établie dans le bas-côté nord de l’église prieurale. Au 1er quart du XIIe siècle, la nef s'allonge de six travées supplémentaires ; l'arc brisé apparaît autorisant un accroissement de l'élévation. Au 2e quart du XIIe siècle, c'est l'époque des grandes modifications. La nef gagne deux travées ; on édifie le clocher Sainte-Croix et une partie de l'autre clocher. Le chœur est agrandi : faux triforium, déambulatoire avec cinq chapelles rayonnantes. Le transept est surélevé d'un étage. La tour octogonale, dite clocher de la Bertrange, est bâtie à la croisée du transept.
En 1213, le pape Innocent III approuve la garde du prieuré et la procuration ou pension due par le prieuré de La Charité au comte de Nevers. Le déclin du monastère commence au début du XIIIe siècle avec les difficultés financières, une crise éclate entre la maison-mère et le prieuré qui connaît des problèmes financiers, ainsi que des conflits politiques. Du XIVe au XVIe siècle, les guerres terrorisent le pays, très éprouvée pendant la guerre de Cent Ans, en 1429, la ville résiste au siège de Jeanne d’Arc. (En 1429, Jeanne d'Arc, pour le compte de Charles VII, tente de reprendre la ville contrôlée alors par le capitaine Perrinet Gressart qui la tenait depuis décembre 1423, mais elle échoue en raison des fortifications puissamment érigées qui défendent la ville). La chapelle axiale est reconstruite en chapelle gothique à plan cruciforme. L'église atteint 130 mètres de long ; après Cluny; La Charité est la plus longue église monastique d'Europe. En 1505, la foudre entame probablement la chute du clocher sud de la façade et de la flèche du clocher nord.
Le prieur Jean de la Magdeleine de Ragny refait la façade de l’église et plusieurs bâtiments du prieuré. Le grand portail de la nef est refait ; un passage permettant d'accéder à la ville est créé dans le bras sud du transept. L'édifice faillit ne pas survivre au grand incendie du 31 juillet 1559, ravageant les trois-quarts de l'église dont la totalité de la nef, une grande partie du prieuré et de la ville.Le feu ravage la ville pendant trois jours et la nef, les toitures du chœur, les bâtiments du prieuré, l’église Saint-Laurent et des centaines de maisons de la ville furent détruits. La restauration de l’église fut problématique, seule l’église paroissiale Sainte-Croix fut élargie d’un bas-côté. N'ayant plus les moyens de remettre l'ensemble des bâtiments en état, les travaux de première nécessité sont réalisés en ce temps de Guerres de religions.
En 1569, lors des guerres de Religion, les moines et une partie de la population furent massacrés. La prieurale et les bâtiments conventuels furent lentement restaurés au cours des deux siècles suivants par les prieurs commendataires. Il faut attendre 1695 pour la reconstruction. En attendant, la nef ne comprend plus que quatre travées, fermées à l'ouest par un nouveau portail de style néo-classique. L'espace laissé libre par la nef détruite devient un cimetière.
L'Élection de La Charité-sur-Loire est créée en 1635 et dépend de la Généralité de Bourges. Supprimée en 1661, elle est rétablie en 1669 et passe en 1696 à la Généralité d'Orléans. Il faut noter l'action, en 1695, de Jacques-Nicolas Colbert, évêque d'Auxerre et fils du grand ministre : quatre des dix travées de la nef sont reconstruites, ainsi que le grand cloître, les locaux conventuels, l'hôtellerie. De plus, un nouvel hôpital est créé.
Nicolas Colbert et son neveu le prieur Jacques-Nicolas Colbert furent nommés successivement par le pape prieurs de La Charité à condition de reconstruire le prieuré dévasté par un incendie 100 ans plus tôt. Les travaux commencèrent en 1667. Le prieur Jacques-Nicolas Colbert reconstruit quatre travées de la nef. Les dernières constructions du prieuré sont conduites par le Cardinal de Bernis à la fin du XVIIIe siècle. Pendant deux siècles du XVIIe au XVIIIe, plusieurs tentatives de réforme sont envisagées sans succès. Le prieuré retrouve son faste sous le prieurat du cardinal de Bernis (1757-1790). En 1791, les trois églises paroissiales de La Charité sont supprimées. Notre-Dame devient la seule église paroissiale de la ville.
La Révolution laisse son empreinte sur le monastère et marque la fin de celui-ci qui est fermé en 1791. L'église devient paroissiale, les bâtiments sont vendus, et pendant les XIXe et XXe siècles s'installent successivement : une faïencerie, une fabrique de chaussures, un négoce en vin, qui font subir des transformations néfastes mais sauvent le prieuré de la destruction. L'ancienne église Sainte-Croix est transformée en magasins et en locaux d'habitation, ce qu'elle est toujours. L’ancien prieuré est lentement absorbé par la ville. L’église devint paroissiale. Un tympan de portail fut détruit en 1820 par un démolisseur.
La prieurale, objet du désintérêt de la commune, fut sauvée de la ruine par Prosper Mérimée qui passa à La Charité en 1834. Prosper Mérimée sauva l'édifice d'une destruction programmée par le passage de la route royale de Nevers à Paris entre le chœur et la tour de façade. Il fait classer l’église comme Monument Historique en 1840. Vers 1950, l’intérieur de l’église fut désenduit et en 1954 des sondages dans la nef retrouvent son plan ancien. Des restaurations sous l’architecte Jean-Pierre Duthoit commencent en 1975. Des fouilles sur le site du monastère, de 1975 à 1982 et de 1988 à 1995, retrouvent les fondations de l’église Saint-Laurent, les locaux conventuels du prieuré bénédictin et le cimetière des Moines.
Depuis 2001 le prieuré est le site d’un des plus grands chantiers de restauration de Bourgogne, les différents espaces sont peu à peu rendus au public qui les découvre avec émerveillement.
- 2001 – 2004 : aménagement du jardin des bénédictins et protection des vestiges de l’église Saint-Laurent.
- 2003-2004 : restauration de la façade est du prieuré.
- 2005-2008 : restauration du rez-de-chaussée de l’aile est du prieuré (salle capitulaire, salle Mérimée, galerie est du cloître).
- 2007-2008 : restauration du rez-de-chaussée de l’aile nord du prieuré (salles XVIIIè et galerie nord du cloître).
- 2010-2011 : restauration de l’enveloppe de l’aide nord et aménagement du cloître.
- 2012 : restauration du portail principal et création au monument par l’installation de vitraux contemporains dans la salle capitulaire.
- 2015 : reprise des toitures et des structures de l’aile est du prieuré. Consolidation du passage Mérimé.
Les labels Ville d’art et d’histoire et Centre culturel de rencontre
- En 1998, le monastère est classé patrimoine mondial par l’UNESCO comme site majeur situé sur les chemins de Compostelle.
- L’ensemble des bâtiments du prieuré, rachetés par la ville depuis de nombreuses années, est inscrit à l’inventaire des Monuments Historiques en 2000.
- En 2011, le label Ville d’Art et d’Histoire est accordé à La Charité-sur-Loire. Ce label reconnaît les actions conduites depuis plus de 10 ans, et fixe de nouvelles exigences de qualité pour les années à venir.
- En 2012, La Charité-sur-Loire devient Centre Culturel de Rencontre une distinction rare (15 sites en France) qui associe à un site remarquable, ici le prieuré, une thématique forte, le mot et la création, avec une programmation culturelle de qualité.
Grâce à ses distinctions, le site de La Charité, reconnu au niveau national, gagne en notoriété.
témoignages historiques, et invite les promeneurs à la flânerie. 
Perchée sur une colline culminant à 655 m, Château-Chinon domine le parc naturel régional du Morvan. Commune située dans le département de la Nièvre, elle fut dès l’Antiquité un point de passage et de commandement pour le peuple gaulois des Éduens, puis un établissement gallo-romain avant de devenir, au Moyen Âge, une châtellenie très convoitée. 
Dans chaque région en France, on retrouve un certain nombre de sites et de monuments. Ceux-ci peuvent être de vieux bâtiments, des statues ou encore des sites naturels ayant été le siège d’événements historiques. Chaque monument est l’illustration d’une histoire singulière. 
étape de l'un des chemins français vers